金針菇中的纖維素具有降低膽固醇的作用，同時還能預防和治療肝臟系統及腸胃道潰瘍。金針菇含有一種蛋白，可以預防哮喘、鼻炎和濕疹等過敏症，也可以提高免疫力。金針菇中含有一種特殊的鹼性蛋白質~金針菇素，該物質能增強機體免疫系統防禦功能，對癌細胞有明顯的抑制作用。

食用秋水仙堿含量較高的金針菇後，容易因氧化而產生有毒的二秋水仙堿， 它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。不過秋水仙堿易溶于水，再通過充分加熱可完全破壞其成分。

但是它的分解需要一定時間。